企业级应用如何保护源代码？

期待可以原生支持二进制方式运行

node.js还是新生儿，要想有代码加密或预编译成二进制还早了点
更期待node.js更加成熟，更加稳定。。。运行更快。。。
其它的，我想应该是水到渠成的事

没看懂楼主的意思吧，这样单独放没解决什么吧 比如游戏，你如果是拿给别人代理运营，所有服务器都是人家管理的。。。代码不是全可以拿到？？

遵循MVC原则，把静态文件单独开放

web.use(web.static(__dirname + '/static'))

代码是在服务器但是要是被入侵的话就麻烦了

如果是c/c++/object-c 本身就已经很难反向工程了

代码运行在你的服务器上的吧？