JSDoc Toolkit(http://code.google.com/p/jsdoc-toolkit/)
Docco(http://jashkenas.github.com/cocco)
Dojo Documentation Tools(http://dojotoolkit.org/refernce-guide/util/doctools.html)
JoDoc(https://github.com/azakus/joodoc-js)
Natural Docs(http://www.naturaldocs.org)
NDoc(https://github.com/modeca/ndoc)
PDoc(http://pdoc.org)
YUI Doc(http://yuilibrary.com/projects/yuidoc)
以上摘自《编写可维护的JavaScript》附录B.2

JSDoc Toolkit已经不再被支持，请使用JSDoc 3（https://github.com/jsdoc3/jsdoc）

https://github.com/jsdoc3/jsdoc